Japan Karate Association jest bez wątpienia jedną z najbardziej znanych i technicznie najskuteczniejszych organizacji karate na świecie. Równocześnie jest najstarszym na świecie związkiem Shotokan Karate. Została założona w 1955 roku, a jej współtwórcą był założyciel szkoły Shotokan Karate, sam Gichin Funakoshi. JKA stanowiła dzieło wszystkich, którzy już dwadzieścia lat wcześniej zaczęli intensywnie ćwiczyć karate pod kierunkiem Gichina Funakoshi i jego syna Yoshitaki. Sam Gichin Funakoshi pełnił w związku funkcję Głównego Instruktora.

W 1955 roku w Yotsuya, w Tokio, zostało zbudowane pierwsze dojo - kwatera główna, i na pierwszego prezesa został wyznaczony Saigo Kichinosuke, członek Izby wyższej Japońskiego parlamentu i wnuk Saigo Takamori jednego z największych bohaterów Japońskiego Meiji. W 1956 roku JKA ustanowiła pierwszy, specjalistyczny program treningowy dla instruktorów. To był początek najwspanialszego instruktorskiego programu treningowego w karate, jaki kiedykolwiek został stworzony. Żadna inna organizacja karate nie stworzyła, ani nawet nie zbliżyła się do tego programu. Dzięki temu programowi, spośród dobrze wynagradzanych profesjonalistów, JKA zbudowało spójną kadrę wybitnych instruktorów karate. Grupa ta składała się z 20 indywidualności.

10 kwietnia 1957 roku. JKA zyskało osobowość prawną, wtedy to Japońskie Ministerstwo Edukacji ( obecnie Ministerstwo Edukacji, Nauki, Sportu i Kultury) oficjalnie uznało JKA za stowarzyszenie członków, które ma na celu promocję karate, rozprzestrzenianie i wzbogacanie praktyk karate Była ona również pierwszą i jedyną organizacją karate, która została uznana w 1958 roku przez japońskie Ministerstwo Kultury za dobro kultury narodowej. Powyższe uznanie daje JKA nadzwyczajny przywilej, którego nie posiada żaden inny związek czy styl karate w Japonii, nawet Narodowy Związek Japan Karate Federation JKF, który jest członkiem WKF.
W październiku 1957r., w Tokio, JKA zorganizowało pierwsze Mistrzostwa Japonii w Karate. Na te pierwsze zawody, stworzono pierwsze w historii karate przepisy, które zakładały rozegranie tylko czterech konkurencji: kumite i kata indywidualne mężczyzn oraz kumite i kata drużynowe mężczyzn.
Ten system współzawodnictwa sportowego został szybko przeniesiony na wszystkie odziały JKA karate, które otwarto w miastach, szkołach i na najlepszych uniwersytetach Japonii.

W roku 1958 Mistrz Nakayama został wyznaczony na stanowisko Chief Instructor (Szef wyszkolenia). A w roku 1961, Jego Wysokość Książę Japonii (obecnie Jego Wysokość Cesarz Japonii) zaszczycił swą obecnością piąte JKA Wszechjapońskie Mistrzostwa Karate. JKA karate przyciągało uwagę.
Przez lata podział wśród zawodów sportowych poszerzał się, i tak wyłoniły się mistrzostwa: uniwersyteckie (1969), kata kobiet (1974), juniorów i seniorów (1975), by wreszcie powstać w znanej nam dziś formie jako podział na dzieci kadetów, juniorów, seniorów i włączając również kumite kobiet (1985)
Podczas tego okresu , JKA dalej rozwijało swoją sieć instruktorską. Odgałęzienia głównego dojo powstały w całej Japonii. Dość wcześnie, bo już w 1958 roku kilku z najlepszych zawodowych instruktorów wysłano do Ameryki. Wkrótce potem założono dojo w Europie i na Bliskim Wschodzie. Siła ekspansji Karate, jako jednego z dóbr eksportowych Japonii była ogromna. Na skutek ciągłego doskonalenia instruktorów, techniki karate rozwinęły się tworząc kompletny system. Od początku wyłoniono jasne (naukowo i praktycznie poparte) formy każdego rodzaju kumite, każdej postawy i ruchu. Zarysowano też wyraźne różnice pomiędzy poprawnym i niepoprawnym wykonywaniem każdego ciosu, kopnięcia, bloku - każdej techniki.

W czasie gdy rozwijano techniki karate wielu instruktorów wyruszyło z Japonii, rozpowszechniając w ten sposób tę piękną sztukę na całym świecie. JKA było pierwszą organizacją, która zaczęła otwierać dojo poza Japonią. Temu właśnie JKA zawdzięcza swą obecna potęgę na całym świecie.
Ponadto JKA było jedyną organizacją, która wysyłała swoich w pełni wykwalifikowanych profesjonalnych instruktorów, aby uczyli karate na uniwersytetach.

Przewodniczącymi JKA od jej założenia były zawsze osoby o nadzwyczajnej pozycji publicznej, jak: dawny premier Kakuei Tanaka, ówczesny minister spraw zagranicznych Zentaro Kosaka czy członek Izby Reprezentantów Shuji Masutani. W szeregach organizacji działali wszyscy wielcy przedstawiciele Skotokan Karate, niezależnie od później wybieranych dróg osobistego rozwoju: przede wszystkim Masatoshi Nakayama, pełniący przez prawie trzydzieści lat funkcję Głównego Instruktora, autor znakomitych publikacji szkoleniowych "Best Karate" i "Dynamic Karate", odpowiedzialny za światowe rozpropagowanie stylu Shotokan, następnie T. Kase - największy spośród znanych praktyków Shotokan Karate, H. Nishiyama - założyciel International Traditional Karate Federation, jeden z najstarszych instruktorów JKA i jej wielki propagator, T. Okazaki - znany trener i autor prac upowszechniających styl Shotokan, M. Tanaka - mistrz znany z wewnętrznej siły, determinacji i wspaniałych umiejętności praktycznego wykorzystania karate, Hideo Ochi - wieloletni działacz, wybitny praktyk i doświadczony trener karate, Keinosuke Enoeda - propagator i znany działacz oraz szkoleniowiec, a także wielu, wielu innych.
W 1990 roku JKA wstrząsnął potężny kryzys, kiedy to odłam organizacji wszedł w posiadanie statutu JKA i uchodził za oficjalnych przedstawicieli JKA. Grupę nazywano nadzwyczajnym zgromadzeniem, choć nie miała reguł swych obrad ani określonego celu działalności. Te bezprawne spotkania nielegalnej frakcji, wkrótce przekształcono w zarejestrowaną organizację. Tak rozpoczął się długi okres trwania sprawy sądowej pomiędzy JKA a nadzwyczajnym zgromadzeniem.
Mimo to JKA kontynuowało swój rozwój. Większość członków zarządu, instruktorów i szeregowych członków, pozostała wierna i lojalna prawdziwemu JKA. Wtedy to, w 1991 roku Pan Sugiura Motokuni został głównym Instruktorem JKA.
Razem z Przewodniczącym Nakaharą zapoczątkował on powrót do tradycji, zwrot ku prawdziwemu duchowi karate, który w tym czasie był tak potrzebny. W 1994 roku, JKA opublikował pierwszą z serii pięciu autorytatywnych książek o kata.
Ta seria szybko stała się " biblią " kata. Wtedy nastał czas werdyktów sądowych. W 1995 roku przyszło tak długo oczekiwane przez członków JKA zwycięstwo w Sądzie Miejskim w Tokio. W 1998 roku JKA wygrało ponownie w sądzie w Tokio, a w czerwcu 1999 roku Najwyższy Sąd Japonii odrzucił apelację odłączonej grupy i tym samym zamknął sprawę raz na zawsze. Wynikiem wyroku sądowego, było przywrócenie JKA we wszystkich państwowych rejestrach jako jednej spójnej organizacji. Wszystko powróciło do stanu sprzed rozłamu.

Paradoksalnie JKA wystawione na tak ciężką próbę, wyszło z niej silniejsze. Nigdy przedtem nie było tak spójną i jednolitą organizacją. Z odzyskanym na drodze sądowej prawnym stanem JKA weszło w XXI wiek. Te wydarzenia zrekonstruowały wewnętrzną organizacją JKA i zreorganizowały jego bazę finansową.
W grudniu 2000 roku JKA kupiło ziemię w środku Tokio, gdzie powstało nowe główne biuro i dojo. To był pierwszy raz w historii JKA, że kwaterę główną wybudowano na ziemi w pełni należącej do organizacji. Wielka ceremonia otwarcia odbyła się w maju 2001 roku, Było na niej wielu dygnitarzy z całego świata, oraz wielu członków innych organizacji karate.
Bardzo szybko JKA mogło ulokować się w nowym miejscu, jasno definiując siebie jako Strażnika Najwyższej Tradycji Karate. W 2004 roku powstała oficjalna strona internetowa JKA, poprzez którą jak zawsze może promować karate na całym świecie - www.jka.or.jp
Japan Karate Association zrzesza 156 krajów z całego świata. Ilość ćwiczących określa się na ponad 24 miliony. Ważna jest jednak nie tylko masowość uprawiania karate. Szczególny nacisk kładzie JKA na przemyślaną strukturę dydaktyczną, dotyczącą nauczania Shotokan Karate. Na uznanie zasługuje funkcjonujący od 1956 roku przy Honbu Dojo w Tokio system szkolenia instruktorskiego, w ramach którego szkoli się zawodników na dwuletnich kursach, które obejmują wszystkie aspekty i zagadnienia karate. Tylko najlepsi karateka zostają dopuszczeni do tego elitarnego szkolenia i potrafią wytrwać do końca. Wielu jego absolwentów naucza dziś karate w rozlicznych krajach na świecie. Ponadto JKA wyróżnia się dzięki opracowywaniu i publikowaniu podręczników, materiałów i filmów szkoleniowych, przyczyniając się w ten sposób do standaryzacji techniki karate. Instruktorzy JKA kładą równomierny nacisk na rozwój fizyczny i psychiczny adeptów karate, nie stroniąc od studiów anatomii, motoryki i kultury fizycznej w ogólnym tego słowa znaczeniu.